お疲れさまです。
インボイス制度について、把握しきれていない点もあるのですがおそらくこちらがアマゾンにインボイス番号を登録しなかった場合のデメリットとしては
・請求された場合にインボイスが発行できない
の一点のみかと考えています。
そして、これはBtoBの注文にのみ起こること（個人事業主、法人からの注文）ではないでしょうか。
一般的な購入者からの注文の場合は、インボイス番号があろうとなかろうとほぼ関係ないです。
（法人からの場合も、経過措置で1万円以下はしばらくは発行しなくても良いみたいなのも見かけましたので結構ゆるゆるな気がします。少なくとも2－3年は様子見が多そう）
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/kaisei/202304/02.htmつまり、登録しない場合法人からの注文に対してインボイスを発行できない。ということが問題なんだと思います。
ですので、２つのアカウントのうちBtoBが多そうな方だけインボイス番号を登録しておき、片方には登録しないままでも問題ないのではないかと考えております。
登録しない方のアカウントはもしかしたら法人割引が使えなくなる、などのデメリットが今後発生する可能性はあります。
登録しなかった場合のデメリットがあるとすれば「法人からの注文が減る」ぐらいかなと考えております。