おそらくコレじゃないでしょうか。
Yahoo! SSL化の影響、対応策を徹底解説~SEO・解析の今後は?~
http://www.seohacks.net/blog/tech/yahoo-ssl/↑のページ中腹「SSL化したサイトから非SSL化サイトに遷移するとリファラ(参照元)情報が受け渡されない」
楽天はまだ全面SSL化されていないため、Yahoo!の検索エンジンをはじめ
多くのSSL化されたサイトから楽天へ流入があった場合、Refererが受け渡されません。
そのため参照元なし(直接参照)になることが増えているのだと思います。