・採算が合わないから入札額を下げる
→クリック単価が下がらず、無駄な広告費を垂れ流してしまう
（入札額100円→クリック単価150円など）
これは、各種の入札額の調整オプションをONにしてる可能性をまず排除していれば、
設定した入札額よりも高くなる、ってのは考えづらいのですが、
各種の入札額の調整オプションの設定をしてても、入札額よりも実際のクリック単価が高くなる、みたいなコトと起こってる感じですかね？
入札額調整オプションについては、広告プロダクト事に微妙に設定項目名が違ったり、また、キャンペーン自体の設定で最初に決めたら変えられない最適化オプション、があって、そっちで賢いコトやられちゃう、みたいなこともあるので、ここで一概に語りづらいのですが、SP，SB，DS、それぞれの広告プロダクトでの設定項目、まずはここを確認。
・もっとアクセルを踏みたいから、入札額を上げる
→クリック単価が上がらず、機会損失
（入札額500円→クリック単価80円など）
ビッド（入札額）を上げても、そのとおりに反応してくれない場合、これもまた一概に語りづらい部分ではあるのですが、
システム側での 広告KW と 自分の商品（のカタログにある情報や、これまでの購入者の各種アクションなどから算出される結果系指標）との関連性が判断材料になったり、またここが高く評価されると結果として入札額は抑えられるけど、他のカタログよりも低いクリック単価で露出されてる、みたいなこともあっったりで、、、
ちなみに、こちらのケースで問題視してる（実際に困ってるコト）のは、
実際のクリック単価が上がってくれないから困ってる、
のではなく、
ビットを上げても露出が上がってくれない（インプレッションからのクリック、その結果がよければもっと露出してクリックも増える、という上昇循環にならない）、ですよね？
かずは、商品とメッチャ関連性が高い（と思われる）KWを、完全一致、とかで出してみて様子見、って感じを、一つずつ、実験してくといいかもです。動きを観察しながら。
PS. このトピ、他の方からの情報募集かけてみました。参考情報、来ますように。。。（祈）