お世話になります。
商品によって優良配送マークが消えてしまう時期があるとのことでしたが、その原因はなになりますでしょうか？
優良配送の条件が
【条件】：（A）［1］［2］および［3］ または （B） を満たした商品
（A）
［1］ストアパフォーマンス「出荷遅延率」が、当社所定の期間において5％未満のストアの商品
［2］ストアパフォーマンス「ストア都合キャンセル率」が、当社所定の期間において2.5％未満のストアの商品
［3］お客様に表示される主要配送方法の「配送日」が「注文日＋2日以内」と設定されている商品
（B）
お客様が選択できる「配送日」が上記（A）[3]と同等になることが想定されるとLINEヤフーが認定する配送サービス（※2）を利用している商品
となるため、まずはどこでつまずいているか確認する必要があるかと思います。
具体的には
商品によってということなので、
考えられる例として宅配便は可能だけどメール便は「注文日＋2日以内」の守れない日があるのでメール便設定の商品は消えてしまうなど設定をしている商品にどんな共通項があるのか確認することろから原因の特定をはじめるとよいかと思います。
詳しくはマニュアルの下記に記載されているのでご確認ください。
https://store-info.yahoo.co.jp/shopping/toolmanual/dictionary/y/3122.html 特に発送日設定と配送スケジュール設定の部分は設定時に重要になります。
ちなみに弊社では確実な方法としてヤフーショッピング提供するヤマト運輸フルフィルメントを利用することで優良配送マークを付けています。
注意点は現状メール便も優良配送に対応しているが今後クロネコゆうパケットになって配送スピード落ちている流れで、同様に対応できなくなるかもというお知らせは受けているので注意は必要です。
個人的な意見としては楽天のRSLが来年６月からメール便も翌日配送をするという流れなのでその流れになるのであればヤフーも継続して配送の早い方法で使い続けられるのかなと思っております。