ザックリな回答になってしまいますが、意匠権について以前にトラブったことがありますので、
経験則でお話しさせていただきます。(最終的には弁理士さんに確認してください)
今回の件に関して、既に意匠を取られてしまっているということで、現状は相手方が有利な状況です。
ただ今回のバックグラウンドを拝読させていただくと、状況を打開する可能性はあるかもしれません。
意匠には、販売を開始する前に取得していないといけない原則があり、ある程度販売がうまくいったから意匠を取るか~というモノが認められていません。
もし相手方が商品を販売を開始した後に意匠を取得している場合、そこを理由に特許庁に対し「無効審判請求」を行うことができます。
ただし注意点としては、もし無効審判請求が通るとその意匠は無効となりますが、逆にそれが判例となり自分が今度その荷姿で意匠を取ろうとしても、絶対に認められなくなります。
デメリットしては、今まで意匠権を理由に参入を控えていた企業がいた場合、参入障壁が一気になくなり競争が激化する可能性があるということです。
手続きに関しては弁理士さんに任せるのが一番ですが、そこそこ費用が掛かりますので、まずは無料相談を利用してみてください。
フェイスブックの情報では京都にお住まいとのことですので、日本弁理士会近畿支部にて無料相談を受けることが可能かと思います。
日本弁理士会近畿支部
http://www.kjpaa.jp/beginner/consul
そこである程度勝てる算段が整い、さらにかかる費用が今後の利益より少ないのであれば、
プロの力を借りてチャレンジしてみるのもいいかもしれません。
弁理士会館ではその分野に強い弁理士さんの紹介もしてくれます。
ビジネスが円滑に進むことをお祈りしております。