外部ツールとして、ばっちりニーズにはまるものは、ちょっと聞いた事がないかも。。。
そして商品ごとにセッションやCTRや販売個数をエクセルファイルに手入力して、
商品の日々の動向を観察しています。
セッション数、販売数は、ビジネスレポートで見れますが、
CTRは、広告のレポートでしか閲覧できません。
なので、質問の元にあるのは、ビジネスレポートだけでなく、広告関連の指標の動向も一覧したい、というニーズなのですかね？
基本的には、レポートをDLし、それを手元（クラウドか、自分のPCローカルか、クラウドの方が便利だと思うけど）にまとめ、それを、見たい形にするシートを作る、って感じになります。
用途に応じて、スプレッドシートを組めるくらいには慣れてしまった方がいいかもですね。
ビジネスレポートには、子ASINまたはSKU（商品ごと）、親ASIN（商品のバリエごと）でまとめる、という事が簡単なのですが、広告のレポートは、ちょっと面倒です。
広告は、対象として、下記があり、
スポンサープロダクト広告
スポンサーブランド広告
スポンサーブランド動画広告
スポンサーディスプレイ広告
それぞれにレポートタイプがあるので、
まず、各種のレポートの種類と、そこにある情報を把握してください。
そこにある情報をベースに、レポートを組み立てる必要があります。
どういった粒度（細かさ）で、情報をみたいか、によりますが、
多分、
デイリーで、SKU（またはASIN)ごとに、
IMP,
Click,
Click / IMP = CTR,
AdCost,
AdCost / Click = CPC,
Sales¥（売上）,
Order（注文個数）,
この辺ですかね？ 商品ごとの概要としてみたいのは。
なので、必要な素材としては、
- ビジネスレポート
- 各種の広告レポート（おそらく、なんらかのファイル４つ。レポートタイプを、自分が作りたい表の形によって必要な情報のフィールドが変わるので、それによって決める）
- スポンサープロダクト広告（例えば、広告対象商品）
- スポンサーブランド広告（
- スポンサーブランド動画広告
- スポンサーディスプレイ広告
これらを用途におうじてDLして保存し（これが素材。これは変更をしない）、
必要に応じて素材を加工した次のレポートを作り（例えば、デイリーで束ねる、とか、商品別にわける、とか）、
それらから見たいモノを抽出する最終的なレポートにする、みたいな感じになります。
注意点としては、
- スポンサーブランド広告では、広告キャンペーンに複数のSKUが入ってくるので、商品レベルでの粒度でレポートが見れない（これは割り切りが必要）
- スポンサーブランド動画広告は、キャンペーンと商品の対応識別は簡単（１つのキャンペーンで１つの商品なので）だけど、レポートの中に、ASINとかSKUって項目がないので、おそらく、キャンペーン名とかにASINなり商品名なりをいれて、どの商品なのか、フィルタリングをする工夫が必要
- スポンサープロダクト広告、スポンサーディスプレイ広告は、SKUやASINがフィールドとして存在するレポートがあるので（広告商品レポート、とか）、商品ごとの識別は楽ちん
手数をなるべくシンプルに、かつ見たい情報がすぐ見れる、というモノにできるとよいかと。
更新が簡単でないとタイムリーな維持ができないので、運用上のポイントはそちら。
作れる様になるのがまず最初のステップかな〜
で、次は、運用（これは作業）とかの話。マニュアルを作って誰かに頼む、とかはしやすい。
参考になりましたら、、、！