前提として、ある商品に技適マークを付ける責任があるのは「認証を受けた者」です。
なので、菅谷さんが法律上の届出人となって工事設計認証を取得した場合、メーカーが勝手に技適マークを付けて販売することは法律上はできません。(ただこれをどう取り締まるかは難しいところではあります)
しかし、もし菅谷さんが費用を負担してメーカーの名義で工事設計認証を通してしまった場合、残念ながらメーカーが技適マークを付けて他社に販売したとしてもそれを止めることはできません。
ただ、まあメーカーとちゃんと話し合えばここはさすがに技適マーク付きで他社に売るのは止めることができると思いますよ。
余談ですが、電波法上の疑問は登録証明機関に聞くよりも総務省か各地方の通信局に聞いたほうがいいかもです！
http://www.tele.soumu.go.jp/j/ref/material/commtab1/index.htm