【楽天、Yahoo!ショッピングの主要モール】 【ヤマトでソフトでB2クラウド】
この環境であれば大体の一括管理システムは対応しておりますので、あとはご自身の会社のその他の環境に応じてご都合のよいシステムを導入するのがよいかと思います。
比較するポイントとしては今後増やすモールがあるとしたらそのモールも対応しているか、在庫管理も必要か後払いの決済の会社はどれか、その他のシステム、（メール対応ソフトや、物流システムが対応しているか、どこまで自動化するか、料金体系）など、このあたりはそれぞれの会社の売り方や仕組みによっても変わってくるので自社の仕組みをどのようにしたいかや現在の仕組みからイメージしてから契約するのがいいかと思います。
ヤマトなどで自社発送を行っているのであれば周りで多いのが
ネクストエンジン
https://next-engine.net/、
GOQシステム
https://goqsystem.com/クロスモール
https://cross-mall.jp/がよく使っている人を聞きますね。
弊社で使用したことがあるのはGOQシステムとクロスモールですが使い勝手的には慣れればどちらも便利で変わらないかなと思います。
GOQシステムは画面のインターフェイスが楽天にそっくりでスタッフも理解導入しやすいですしAPIに対応しているモールが多いので処理が楽というメリットがあったり、クロスモールはシンプルでSKUの多い店舗は在庫の通知機能があるので在庫管理がしやすいなど、それぞれの個性があるものの基本的にはなれれば実際のところあんまり効率は変わらないかなと思います。
あと、実際に使って感じるのはシステムは使う会社によってもぜんぜん使い方が変わってくるので上記のような主要のシステムあたりでどうやって使ってるかを他社さんといろいろ情報交換していくとさらに効率や顧客対応の質が上がっていくかと思います。