Amazonmの中の人にしか正確な回答は用意できない分野ですね（笑）
という前置きをしての回答ですが、
A 【Amazonに表示されているセール価格 “1000円” 】
僕はこちらだと判断しています。
というのも、システム的には割引前の金額で売上計上されるので。
（ビジネスレポートなどの数値の面です）
また、最近の挙動では、販売金額を上昇させることによるペナルティ（と言っても半日くらい？ペナというより減点？）も見受けられます。
iwaiさんはこの点も考慮しての セール価格 なのだと思いますが。
今までの中国セラーのバラマキに対応するような挙動になっているので、Amazonでの表面上の価格は売りたい価格に設定して、クーポンのOFFでコントロールするのがいい気がしますね。
ただし、クーポンのOFF率が２６％を上回ると、レビュー投稿時に「Amazonで購入」のマークが外されます。
また、iwaiさんのご質問内容だと９０％OFFという形になりますので、そのOFF率でのCV時のSEOに対する加点がどのように作用するかといった検証データを持っていません。
先日の大幅なロジック変更前は、７５％OFFでも検索順位向上は認められていました。
近々検証予定ですが、実際に９０％OFFなどでやってみた結果をシェアしていただけると個人的には超嬉しいです（笑）
最後に、
✅ 新着ブースト 終わり（どのタイミングで売れても変わらない？）
✅ 検索順位が定着するまでの期間 2周間前後 → 1ヶ月以上？
✅ 直近の販売個数 → 合計金額の比率が高くなった？
新着ブーストはなくなってます。
検索順位の定着はそこまで変わっていないように感じます。
（逆に上げづらくなっているからそう感じるのかなと思います）
販売個数に関しては、金額に変わったというよりも、個数のウェイトが低くなったといった印象です。
理想としては、個数も金額も増やしたほうがいいかなと思います。
何かしら参考になれば幸いです。
PS
個人的にはこういった質問大好きですw