江町さん お疲れ様です。
Yahoo!は ※違反ライン = 低評価率0.3%以上（かつ低評価5件以上）になると
登録全アイテムが「おすすめ順」の検索順位で最下位に突き落とされるので要注意ですよね。。。
うちで実践しているのは「低評価率集計からの除外申請」ですね。
store-info.yahoo.co.jp/s/shopping/toolmanual/review/a/1105.html「商品に対するレビューであり、ストア運営に対するレビューは含まない」
などのものはこれで除外することができます。
Yahoo!でマルチチャネル発送が原因で低い評価がついたことがまだないので
その実践例がなくてすみませんが、除外申請をまずはしてみるのが良いとは思います。
除外申請不可能な案件は、顧客宛に連絡をしまして、諸々誠心誠意を尽くします。
「その後のストア対応が良かった」というコメントがその後追加されて、
低評価から☆の数３以上に変わることはこれでよくあります。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
余談ですが・・・
FBAマルチチャネル発送なのですが、楽天市場の方で悪いストア評価がついたことが僕もありました。
そのときにちょうどこちらの知恵袋で以下のトピックがありむちゃくちゃ参考になりました。
https://goo.gl/7F757yのりさん（菊池さん）とmoriさんのご回答をもとに、購入のお客さんへのメールにて
マルチ発送のアイテムは 必ずその旨を明確に目立つように明記して、
専用テンプレートとして組み込みました（発送業務委託倉庫会社としてFBAを利用している件も明記）。
そうしたところ、FBAマルチ発送が原因での低評価はまったく入らなくなりました。
Yahoo!でも効果あると思いますので、是非取り入れてみることをおすすめします。